2
+7 (495) 968-02-01

ул. Трифоновская, д. 55

Почему США не выявили случаи заболевания омикрон раньше?

3 декабря 2021

Геномный контроль за последние месяцы значительно улучшился, но в систему встроены задержки, и в ней остаются "слепые пятна".

Почему США не выявили случаи заболевания омикрон раньше?
В прошлую пятницу, всего через день после того, как южноафриканские ученые впервые объявили об обнаружении варианта Omicron, Европа сообщила о первом случае заболевания: Новый вариант коронавируса был обнаружен в Бельгии. Не успели закончиться выходные, как случаи заболевания были обнаружены в Австралии, Великобритании, Канаде, Дании, Германии, Израиле, Италии и других странах.

Но в Соединенных Штатах ученые продолжали поиски.

"Если мы начинаем видеть, что какой-то вариант появляется в нескольких странах мира, то обычно моя интуиция подсказывает, что он уже здесь", - говорит Тадж Азарян, геномный эпидемиолог из Университета Центральной Флориды.

В среду американские чиновники объявили, что ученые нашли его - у пациента из Калифорнии, который недавно вернулся из Южной Африки. К тому времени Канада уже выявила шесть случаев заболевания, а Великобритания - более десятка.

В четверг в США были выявлены еще два случая - в Миннесоте и Колорадо, что дает основания полагать, что в стране почти наверняка скрываются новые случаи, говорят ученые. Почему этот вариант не был обнаружен раньше?

Возможно, сыграло роль множество факторов, включая характер поездок и строгие требования к въезду, которые могли задержать появление этого варианта в Соединенных Штатах. Но "слепые пятна" и задержки в системе геномного контроля страны также могли быть факторами, говорят эксперты. Поскольку сейчас многие лаборатории ведут целенаправленный поиск этого варианта, темпы его обнаружения могут быстро увеличиться.

Увеличение масштабов


С самого начала пандемии ученые занимаются секвенированием генетического материала образцов вируса, что позволяет им выявлять новые мутации и определять конкретные варианты. Если секвенирование проводится регулярно и в больших масштабах, оно также позволяет исследователям и официальным лицам следить за развитием и распространением вируса.

В США этот вид широкого геномного наблюдения начался очень медленно. В то время как Великобритания быстро задействовала свою национальную систему здравоохранения для запуска интенсивной программы секвенирования, ранние усилия по секвенированию в США, базирующиеся в основном в университетских лабораториях, были более ограниченными и разовыми.

Даже после того, как в мае 2020 года C.D.C. запустил консорциум по секвенированию, усилия по секвенированию сдерживались фрагментарностью системы здравоохранения, недостатком финансирования и другими проблемами.

В январе, когда наблюдался всплеск заболеваемости, в США, по данным информационной панели C.D.C., секвенировалось менее 3000 образцов в неделю, что составляло менее 1% от зарегистрированных случаев. (Эксперты рекомендуют проводить секвенирование не менее 5 процентов случаев).

Но в последние месяцы ситуация резко улучшилась благодаря новому федеральному руководству, вливанию финансирования и растущему беспокойству по поводу появления и распространения новых вариантов, говорят эксперты.

"Геномное наблюдение в США действительно набирает обороты, и очень хорошие", - говорит Дана Кроуфорд, генетический эпидемиолог из Западного резервного университета Кейза.

Сейчас в стране проводится секвенирование примерно 80 000 образцов вируса в неделю и 14 процентов всех положительных тестов на P.C.R., сказала во вторник на брифинге в Белом доме доктор Рошель П. Валенски, директор Центров по контролю и профилактике заболеваний.

Проблема в том, что этот процесс занимает много времени, особенно при большом объеме. Процесс секвенирования в ЦКЗ обычно занимает около 10 дней после получения образца.

"У нас очень хороший контроль в количественном отношении", - сказал Тревор Бедфорд, эксперт по эволюции вирусов и контролю в Центре исследования рака Фреда Хатчинсона в Сиэтле. Он добавил: "Но по своей природе оно запаздывает по сравнению с отчетностью о случаях заболевания. И поэтому мы будем хорошо видеть то, что было две недели назад".

По словам д-ра Бедфорда, такие задержки не редкость в странах, где много образцов, которые нужно упорядочить.

В некоторых штатах сроки еще больше. Департамент здравоохранения штата Огайо отмечает, что от начала до конца процесс "сбора образца, его тестирования, секвенирования и представления отчета может занять минимум 3-4 недели".

Но теперь, когда ученые знают, что они ищут, они смогут ускорить этот процесс, определив приоритетность образцов, которые, по мнению ученых, с наибольшей вероятностью могут быть омикрон.

Одна маленькая удача заключается в том, что "Омикрон" генерирует другой генетический сигнал в тестах P.C.R., чем вариант "Дельта", на который в настоящее время приходится практически все случаи заболевания коронавирусом в США. (Короче говоря, мутации в гене "спайк" нового варианта означают, что образцы Omicron дают отрицательный результат на этот ген, в то время как на другой сигнальный ген - положительный).

Многие лаборатории в настоящее время ускоренно отправляют эти образцы, а также образцы людей, недавно вернувшихся из-за границы, на секвенирование.

"Все агентства, занимающиеся геномным надзором, отдают приоритет тем случаям, которые недавно были связаны с поездками", - сказал доктор Азарян.

Возможно, именно поэтому калифорнийский случай был выявлен так быстро. Пациент вернулся из Южной Африки 22 ноября и начал чувствовать себя плохо 25 ноября. В понедельник у него был взят положительный анализ на вирус, а через два дня ученые провели секвенирование вируса и объявили, что обнаружили Omicron.

"Быстрое реагирование системы геномного мониторинга США - еще один пример того, насколько лучше стала наша система за последние несколько месяцев", - сказал доктор Кроуфорд.

Слепые пятна


Как бы ни улучшилось наблюдение, все еще существуют пробелы, которые могут замедлить выявление большего числа случаев заболевания в США, включая огромные географические различия.

"Некоторые штаты отстают", - сказал Массимо Капути, молекулярный вирусолог из Медицинской школы Атлантического университета Флориды.


За последние 90 дней, например, Вермонт секвенировал и сообщил о 30 процентах случаев заболевания вирусом, а Массачусетс - о 20 процентах, согласно данным GISAID, международной базы данных вирусных геномов. С другой стороны, шесть штатов - Кентукки, Пенсильвания, Огайо, Южная Каролина, Алабама и Оклахома - секвенировали и сообщили о менее чем 3 процентах своих случаев, согласно GISAID.

Более того, ученые могут секвенировать образцы только из выявленных случаев, а Соединенные Штаты часто испытывают трудности с проведением достаточного количества тестов.

"Тестирование - это самая слабая часть нашей борьбы с пандемией", - сказал доктор Эрик Тополь, основатель и директор Трансляционного института Скриппса в Ла-Джолле, Калифорния. "Так было с самого первого дня".

Хотя тестирование, как и геномное наблюдение, значительно улучшилось с первых дней пандемии, оно все еще крайне неравномерно. И хотя быстрые домашние тесты имеют много преимуществ, перенос некоторых тестов из лаборатории в дом может создать новые проблемы для эпиднадзора.

"С увеличением числа экспресс-диагностических тестов на дому, если за ними не последует, например, тест P.C.R., эти случаи не будут секвенированы", - сказал Джозеф Фаувер, геномный эпидемиолог из Медицинского центра Университета Небраски. Эта проблема не является непреодолимой, добавил он, но "возможно, здесь есть небольшое слепое пятно".

Есть и другие, более оптимистичные причины того, что ученые не выявили больше случаев заболевания, хотя они остаются теоретическими.

"Возможно, у инфицированных пациентов слабо выражены симптомы, и поэтому они не проходят тестирование и не подвергаются геномному наблюдению", - говорит Джанет Робишоу, старший помощник декана по научной работе в Медицинском колледже Атлантического университета Флориды.

(Пока еще слишком рано говорить о том, вызывает ли Omicron более или менее серьезные заболевания, чем другие варианты, подчеркивают ученые. Даже если случаи заболевания непропорционально легкие, что пока не ясно, это может быть связано с тем, что данный вариант пока заражает в основном молодых или вакцинированных людей, у которых меньше вероятность развития тяжелого заболевания).

Возможно также, что в Соединенных Штатах этот вариант еще не получил широкого распространения среди населения. Если случаи заболевания в основном единичны и связаны с зарубежными поездками, они могут остаться незамеченными.

"Мы как бы ищем иголку в стоге сена, если мы ищем только отдельные случаи, не связанные между собой", - сказал доктор Азарян.

Хотя пока неясно, где появился Omicron, первые вспышки были обнаружены в Южной Африке, где этот вариант сейчас широко распространен.

По словам доктора Капути, между южной частью Африки и США совершается меньше рейсов, чем между этим регионом и Европой, где были выявлены другие ранние случаи заболевания омикрон.

И до начала ноября Соединенные Штаты запрещали международные поездки из стран Европейского союза и Южной Африки, отметил он. Даже когда чиновники сняли запрет, путешественники из этих стран все равно должны были предоставить доказательства вакцинации и недавнего отрицательного теста на ковид. Эти меры могли отсрочить прибытие Omicron.

"Вполне возможно, что распространение Omicron в США запаздывает", - сказал доктор Капути в своем электронном письме.

В любом случае, добавил он, он ожидает, что ученые вскоре обнаружат новые случаи заболевания.
49
5377
/nytimes-ru/tech/pochemu-ssha-ne-vyyavili-sluchai-zabolevaniya-omikron-ranshe/
10
2000
ukrtop@mail.ru
/local/components/dev/auto.comments
Оставьте комментарий

О компании

Отзывы клиентов Партнеры Новости Сотрудники Вакансии Блог Контакты
Услуги

Крупный потребительский кредит Кредит на развитие бизнеса Кредит бизнесу с обеспечением Кредит наличными для бизнеса Овердрафт по упрощенной схеме Факторинг Потребительский кредит Ипотека Кредит под залог квартиры Микрозайм на карту онлайн
Информация

Кредиты для руководителей Кредиты малому бизнесу Кредиты юридическим лицам Экспресс-кредит для бизнеса Кредиты для ИП Продукты для развития бизнеса Кредиты под бизнес-план Кредиты для ООО Кредит на бизнес с нуля Кредит юр.лицам под залог Если не выдают кредит Карта сайта
Сервисы сайта

Заявка на кредит Кредитный калькулятор Скоринг Аналитика рынка Все о кредитовании Видео о кредитах